미소구체 제조 시스템은 제1 원료가 저장되는 제1 원료 저장부, 용매, 생분해성 폴리머 및 약물을 포함하는 제2 원료가 저장되는 제2 원료 저장부, 연속상의 상기 제1 원료와 분산상의 상기 제2 원료를 포함하는 에멀젼을 연속적으로 형성하는 에멀젼 생성부, 상기 에멀젼 생성부로부터 형성된 상기 에멀젼을 수용하고, 상기 에멀젼의 상기 분산상으로부터 상기 용매를 추출, 제거하여 미소구체를 형성하는 제1 용매 추출 제거부, 및 상기 제1 용매 추출 제거부와 이격되고, 상기 에멀젼 생성부로부터 형성된 상기 에멀젼을 수용하고, 상기 에멀젼의 상기 분산상으로부터 상기 용매를 추출, 제거하여 미소구체를 형성하는 제2 용매 추출 제거부를 포함한다.