SNP를 이용하여 유전자 종합 점수를 산출하는 시스템은 결측비율 또는 성별이 검증된 피검사자의 유전체 샘플을 채취하여 유전체 염기서열의 변이 정보 혹은 SNP인 변이 정보를 수집하는 변이 정보 수집부, 상기 변이 정보 중 유효한 정보를 포함하는 유효 변이 정보를 선별하는 유효 변이 정보 선별부, 및 유전자에 대한 변이 정보, 및 유효 연구 정보를 포함하는 논문 정보를 바탕으로, 상기 유효 변이 정보를 목표 데이터를 포함하는 유전자 종합 점수로 산출하는 유전자 종합 점수 산출부를 포함한다.